เนื้อเรื่องของภาคนี้เป็นอนาคตแบบหนึ่งของภาคหลักเท่านั้น เป็นอีกจักรวาลหนึ่งของเซย์ย่าที่เริ่มนับจากหนึ่งใหม่หมด เรื่องราวกล่าวถึงเหตุการณ์ต่อจากภาคหลักในอีก 13 ปีให้หลัง ดำเนินเรื่องโดยตัวเอกคือ เพกาซัส โควงะ และตัวละครชุดใหม่เกือบทั้งหมด แต่ก็ยังมีตัวละครจากภาคหลักมาปรากฏตัวเป็นตำนานของเซนต์